Film przedstawiający ostatnie 12 godzin życia Jezusa Chrystusa ma być wierny przekazom historycznym, biblijnym oraz teologicznym. Aby podkreślić autentyczność historii, aktorzy posługują się dwoma wymarłymi językami: aramejskim i łaciną. "Pasja" to opowieść prowokująca do poważnego myślenia i refleksji nad śmiercią Chrystusa osoby o różnych przekonaniach religijnych. Jest to film o wierze, nadziei, miłości i przebaczeniu - a więc o tym, czego bardzo potrzeba w dzisiejszych burzliwych czasach.

Frankie Paige Arquette jest wolnym duchem, bez wiary w Boga. Nagle narażona na paranormalne ataki, krwawienia z nadgarstków i stóp, smagana niewidzialnym biczem szuka pomocy. Sprawą zaczyna interesować się Watykan niezadowolony z rozgłosu wokół niej. Do śledztwa zostaje wyznaczony Ojciec Kiernan Byrne. To, czego jest świadkiem przekonuje go o prawdziwości stygmatów. Wierzy, że Frankie przekazuje słowa Chrystusa, tak niebezpieczne, że niektórzy wysocy rangą urzędnicy Kościoła gotowi są uciszyć na wieki każdego, kto miał, ma i będzie miał z nimi styczność.

U zarania nowego tysiąclecia w kolebce chrześcijaństwa Jerozolimie ma miejsce niezwykłe odkrycie. Odkopane szczątki ludzkie w niepokojący sposób odpowiadają historycznym i biblijnym przekazom dotyczącym śmierci Jezusa Chrystusa. Ksiądz-jezuita Matt Gutierrez i izraelska archeolog Sharon Golban mają wspólnie rozwikłać archeologiczną zagadkę, która nie tylko może zniszczyć kruchy pokój w regionie, ale zburzyć fundamenty Kościoła i podwaliny zachodniej cywilizacji.

Film nie ogranicza się tylko do męczeństwa i śmierci Chrystusa, a prezentuje także jego wcześniejsze losy, także losy osób z Nim związanych.